2016年1月29日，由科技部、财政部、国税总局联合制定并发布了《高新技术企业认定管理办法》(国科发火〔2016〕32号)、国家重点支持的高新技术领域等文件，新政更多向中小企业倾斜，积极鼓励符合高新技术认定条件的企业申报高新技术企业。
通过高新技术企业认定，对企业本身而言具有重大意义：
2、高新技术企业的认定，有助于企业提升自身的品牌形象，使本企业产品在市场销售、投标等过程中更具有竞争力。
3、高新技术企业认定政策是一项引导政策，引导企业调整产业结构，走自主创新、持续创新的发展道路，鼓励企业研发再投入，提高企业科技创新能力。
4、国家有很多优惠政策向高新技术企业倾斜，高新技术企业是吸引地方政府、行业组织对企业实施优惠政策和资金扶持的重要条件，也更具有吸引风险投资机构和金融机构的实力，从而推动企业快速投入到产业化经营中去。
1、知识产权确权工作应提前做好储备
新办法强调对知识产权的所有权，第十一条之规定“企业通过自主研发、受让、受赠、并购等方式，获得对其主要产品(服务)在技术上发挥核心支持作用的知识产权的所有权”。
取消通过5年以上独占许可获得知识产权的类型。
假如企业尚无知识产权，可以通过转让或申请的方式尽快取得与企业主要产品(服务)在技术上发挥核心支持作用的相关知识产权的确权工作。
2、注意企业所得税年度纳税申报表与企业年度审计报告的一致性
因各种原因，企业的汇算清缴数据与年度审计报告、账面数据可能不一致，特别是涉及到主营业务收入、主营业务成本、管理费用、利润总额等关键数据。新办法规定，申请高新资格提交的材料中应包含“近三个会计年度企业所得税年度纳税申报表”.
若不一致，会被认为申报材料不真实。
3、明确研发部门
企业的发展靠技术或产品的更新换代和持续改进才能不被市场淘汰，研发部门在企业的组织结构中的地位非常重要，所以在企业的层级管理或组织架构图中，研发部门需要单列，若企业有小试或中试车间，这些车间可作为研发部门的下级部门进行管理。
4、明确研发规划
研发部门建立后，企业决策层要制定一个企业中长期的产品研发规划，该规划是企业进行高新技术企业认定的纲领性文件，所有与高新技术企业认定有关的软硬件设施、文字材料、人员组织、财务核算设置等均围绕该规划展开。
二、已取得高新技术企业证书的企业，也应做好以下工作：
1、及时填报年度发展情况报表
新办法第十三条规定：企业在获得高新技术企业资格后，应每年5月底前在“高新技术企业认定管理工作网”填报上一年度知识产权、科技人员、研发费用、经营收入等年度发展情况报表。同时按照新规定，连续两年未进行备案将取消高新技术企业资格并进行补税。
新办法第十七条规定，高新技术企业发生更名或与认定条件有关的重大变化(如分立、合并、重组以及经营业务发生变化等)应在三个月内向认定机构报告。经认定机构审核符合认定条件的，其高新技术企业资格不变，对于企业更名的，重新核发认定证书，编号与有效期不变;不符合认定条件的，自更名或条件变化年度起取消其高新技术企业资格。