我国基础研究经费投入近10年增长了近6倍，2009年已达270.3亿元，但其占R&D（研究与开发）总经费的比重不足5%，远低于一些发展中大国；中央财政科技拨款是基础研究经费的主要来源，但基础研究投入占比不足15%；在实际执行过程中，财政科技支出下的基础研究科目经费有向研发活动下游偏离的倾向，只有六成用于基础研究。中国科学技术发展战略研究院最近的《我国基础研究经费来源分析及政策建议》报告给基础研究现状开出“药方”，建议未来五年中央财政适当缩减对应用研究支持的比例，将对基础研究投入比例提高至25%—30%左右。
据悉，该院科技统计与分析研究所副研究员王利政完成的这份报告是基于2009年R&D资源清查数据及国际组织有关统计资料。
基础研究活动是指为获得关于现象和可观察事实的基本原理的新知识而进行的实验性和理论性工作，它不以任何专门或特定的应用或使用为目的。作为新知识产生的源泉和新发明、高技术的先导，它被视为国家长期技术发展的基础和提升国家经济实力与国际竞争力的重要支撑。
数据显示，近年来我国基础研究投入稳定增长，中央财政科技拨款是基础研究经费的主要来源。从科技部负责的研究机构的统计看，2009年在研的基础研究课题的支出49.9亿元，其中来源于政府的资金比例高达94.1%。从财政支出科目看，2009年国家财政基础研究支出共228.6亿元，其中中央本级财政共支出208.6亿元，占财政基础研究科目经费的91.3%。
但王利政在研究中发现，中央财政更偏重于对应用研究的投入，对基础研究的投入的比例较低。
2007年财政收支科目分类改革后，财政科技支出科目中设置了基础研究科目的分类。近5年来，中央本级财政科技支出中用于基础研究科目的支出比例基本保持在14%左右。而多年来美国联邦财政基础研究开支占财政研发开支的比重稳定在20%左右。
更值得关注的现象是，从政府财政预算科目的设置看，财政科技支出下的基础研究科目经费应主要用于从事基础研究活动。自然科学基金和973计划是我国两大重要的基础研究资助体系，前者对基础研究的资助侧重于支持科学家的自由探索研究，后者则侧重于解决国家战略需求中的重大科学问题。初步估算，财政基础研究科目经费中只有约60%的经费用在基础研究方面，其余40%用于应用研究和试验发展。
报告举例说，如“自然科学基金”这个科目，根据科技部对2009年研究机构承担国家自然科学基金课题进行统计，课题资金59%用于基础研究，35%用于应用研究，5%用于试验发展。又如“重点基础研究规划”（即973计划），2009年在研的973课题资金77%用于基础研究，22%用于应用研究，还有1%用于试验发展。再如“重点实验室及相关设施”，这部分经费支持的国家重点实验室实际分为三类：以基础研究为主的实验室只占20%左右，以应用基础研究为主的约占50%左右，以工程科学应用研究为主的约占30%左右。
对比美国科技创新体系中主要用于基础研究的自然科学基金（NSF）研发开支，用于基础研究的经费比重约在85%左右，基础研究和应用研究的比约为10∶1。我国自然科学基金的功能定位和NSF基本相似，但基础研究与应用研究的比例约为2∶1。
报告认为，“十二五”乃至今后相当长一段时期，我国对涉及经济社会发展和国家安全的重大科学问题的研究需求将更加迫切，因此必须加强面向国家重大战略需求的基础科学的部署，以基础理论的源头创新推动技术创新，从而解决制约经济社会长远发展的重大问题。因此自然科学基金、973计划等重大计划项目在项目资助范围上应主要限定在基础研究领域，并建议自然科学基金要将支持基础研究项目的比例提高至80%以上。
此外，国家财政在增加基础研究投入的同时，应考虑以建设企业基础研究实验室、高校院所与企业联合承担国家基础研究项目等支持方式，直接支持一批企业开展基础研究，培养一批有基础研究能力的企业，通过这种方式逐渐提高企业对基础研究重要性的认识，逐步引导企业增加对基础研究的投入。